El 25 de julio celebra la iglesia católica la festividad de Santiago el Mayor, a quien dice oficialmente que pertenecen los restos enterrados en la catedral del mismo nombre.
No obstante, diversos eruditos, entre quienes se encuentran algunos de la talla de Unamuno o de Sánchez Albornoz, defienden que el cuerpo pertenece a Prisciliano, obispo de la época de la dominación romana, que nació en Iria Flavia alrededor del año 350, en una familia acomodada de la zona.

Marchó a la actual Burdeos para formarse con el retórico Delphidius. Alrededor del año 380, Prisciliano regresa a Iria Flavia. Convertido en asceta pone en práctica las enseñanzas recibidas, lleva una vida retirada, contemplativa, de ayuno y oración. En Gallaecia -actual Galicia- crece su fama de místico y sus enseñanzas le hacen ganar muchos adeptos, siendo nombrado obispo de Ávila. Prisciliano predica acerca de la conducta de los hombres de su época, pone en duda el comportamiento de los obispos de su tiempo, critica el modo de vida alejado de la religión y las faltas a los pecados capitales.
Sus enseñanzas tuvieron mucho éxito, sobre todo, entre las mujeres, porque contemplaba la igualdad de los sexos.
Rechazaba la unión de la iglesia con el estado, la corrupción y el enriquecimiento de las jerarquía eclesiásticas.
Prisciliano fundó una escuela ascética, rigorista, de talante libertario, precursora del movimiento monacal, y opuesta a la creciente opulencia de la jerarquía eclesiástica imperante en el siglo IV. Los aspectos más polémicos, en cuestiones formales, son el nombramiento de «maestros» o «doctores» a laicos, la presencia de mujeres en las reuniones de lectura y su marcado carácter ascético.
Intentó la reforma del clero a través del celibato y la pobreza voluntaria, y posteriormente amplió la reforma a todos los fieles. Abogó por la interpretación directa de los textos evangélicos, planteando el principio del libre examen. Exigió que la Iglesia volviera a unirse a los pobres. Enfatizó el estudio de los símbolos y la superación del literalismo en la interpretación de la Biblia.
Las clases populares fueron las que, en principio, abrazaron las enseñanzas de Prisciliano, aunque más adelante se extendieron a todos los estratos sociales, incluyendo muchas familias influyentes; no olvidemos que él mismo no era de origen humilde, sino perteneciente a una familia del entorno senatorial.

Hubo un gran enfrentamiento y un cruce de acusaciones entre priscilianistas y ortodoxos.
Los obispos Hydacio, Higinio e Ithacio se dirigen a Prisciliano con algunas calumnias y tratan de desprestigiarlo achacán­dole el ejercicio de determinadas prácticas paganas.
 Finalmente, una carta enviada por Hidacio a Ambrosio, obispo de Mediolanum (Milán), donde se encontraba instalada la corte imperial, convenció a éste para obtener un rescripto del emperador Graciano excomulgando y desterrando de sus sedes a Prisciliano y sus seguidores.
Cuando, acompañado de sus discípulos, acudió al concilio de Burdeos, en el año 385, fue condenado el priscilianismo y se llegó hasta el extremo que una multitud fanática lapidó a una de sus discípulas. Prisciliano, entonces, se dirigió a Tréveris, Alemania, a pedir audiencia al emperador. Allí cayó en una trampa, siendo encarcelado.
En un extraño juicio fue condenado, tras confesar prácticas heréticas al ser sometido a torturas.  Fue ejecutado, por decapitación, junto con sus seguidores, los primeros herejes juzgados por un tribunal civil a instancias de algunos obispos católicos.
 La mayoría de los obispos católicos de Occidente con Martín de Tours a la cabeza, acompañado por Juan Crisóstomo, protestaron contra tal decisión,y hasta el papa Siricio criticó duramente el proceso ¿Quién no iba a escandalizarse de que fuera ajusticiado un hombre tan piadoso, sólo entregado al culto de Dios? Sólo se explica este caso, primero en la historia del cristianismo en que se lleva a cabo semejante unión entre el brazo secular y el eclesiástico por el afán del emperador en obtener beneficios al tender la mano a la jerarquía católica. La iglesia oficial condenó el priscilianismo, temerosa del movimiento popular que sentía se le estaba oponiendo y se había extendido por las provincias hispanas y buena parte de las Gallias, y el ajusticiamiento de los obispos priscilianistas redundó en la requisa de los bienes de sus diócesis.
Tenemos aquí un precedente de lo que después fue la Inquisición. Nunca antes se habían dictado sentencias de muerte por motivos religiosos.

Después de la ejecución, tanto el cuerpo de Prisciliano como los de sus discípulos fueron trasladados por mar por sus seguidores y enterrados en Hispania de forma clandestina.

Pero no pensemos que ahí acabó la influencia de su doctrina. Después de su muerte, las enseñanzas predicadas por Prisciliano arraigaron y continuaron vigentes durante dos siglos más. El entorno de Iria Flavia (actual Padrón) donde se suponía que permanecían enterrados los restos del obispo, se convirtieron en lugar de peregrinación y se continuó practicando el culto priscilianista a escondidas.
A Prisciliano se le continuó rindiendo culto en Gallaecia , donde su éxito estuvo ligado a la llegada de los suevos, que vieron en la herejía priscilianista una manera de diferenciación con el resto de la península y de identificación del pueblo, y se siguió practicando hasta los concilios de Braga  de los años 561 y 572.
 La influencia de la doctrina del obispo hereje en Galicia es incuestionable. Existe una estrecha relación entre Prisciliano y el pueblo gallego; y la tendencia hacia ciertas creencias paganas (fantasmas, ánimas del Purgatorio, agüeros y brujerías) se atribuyen a la influencia del priscilianismo.
El caso es que Prisciliano fue un personaje controvertido y misterioso que reivindicó las bases del cristianismo primitivo, mezclando la religión cristiana con creencias judaicas y orientales, enfrentándose a la iglesia oficial y proclamando un evangelismo ascético de carácter liberal con participación igualitaria de las mujeres, que condenaba la esclavitud, exigía que la iglesia volviera a unirse a los pobres y planteaba el principio del libre examen.
El éxito de tales doctrinas, que se extendieron incluso a la Lusitania y la Gallia, no podía ser admitido por las jerarquías eclesiásticas ni por el imperio. Por eso había que borrar los rastros de la herejía.

En el año 813 un ermitaño de rito bretón llamado Pelagio comunica a Teodomiro, obispo de Iria Flavia, que en el bosque de su diócesis llamado Libredón se ven unas luces extrañas. El obispo referirá después al rey Alfonso II el Casto que buscando el origen de las luces halló un sepulcro, que no duda en atribuir inmediatamente al apóstol Santiago, sin más motivo que su creencia. El reconocer ese cuerpo decapitado como perteneciente al apóstol constituyó una acertada estrategia para erradicar el culto secreto que aún, en pleno siglo IX, continuaba; se sospechaba que que se trataba del cuerpo de Prisciliano, por el lugar en que se halló... pero resultaba más conveniente atribuirlo a Santiago.  La noticia se hace oficial con el papa León III.

En el año 1900 el hagiógrafo Louis Duchesne publica en la revista de Toulouse Annales du Midí un artículo bajo el título « Saint Jacques en Galice» en el que sugiere que el que realmente está enterrado en Compostela es Prisciliano, basándose en el viaje que sus discípulos hicieron con sus restos.
Coexisten las tradiciones por las que se adjudica el origen de los restos de Compostela, bien a Santiago, bien a Prisciliano.

La polémica todavía continúa, y sería fácil de zanjar. Con la prueba del Carbono 14 radiactivo se podría comprobar si los restos de la catedral pertenecen a un hombre del siglo I o del siglo IV, pero nunca se ha hecho; no han querido realizar esa prueba, que dejaría claro a quién pertenecen, sin lugar a dudas.